1981年由國科會資助，進行「兒童癌症對中國家庭之影響」國際性之研究，發現「經濟負擔」是癌症兒童對家庭最重要的影響之一。在美國教授Dr. Ida Martinson之鼓勵下，以及國內醫護人員-台大醫學院林國信教授（小兒血液腫瘤學專家）、李鍾祥教授、台大護理學系主任余玉眉教授、陳月枝教授等人發起，並得到社會人士的贊助與支持下，本基金會乃於1982年7月正式成立。
在尚未有全民健保實施的年代，基金會以補助化學治療藥物、醫療費用為主，因著1995年3月全民健康保險制度的實施，本基金會逐漸從醫療費用補助，轉為支持性藥物補助、生活急難補助、新個案關懷補助、癌症兒童就學/職訓補助金等，期待提升癌童治療的生活品質。
1988 年由本會前董事長林國信醫師發起成立「台灣兒童癌症研究群」，英文全名為「Taiwan Pediatric Oncology Group」，簡稱 TPOG。目的為提高台灣兒童癌症醫學之水準，促進兒童癌症醫學之研究，互相交換研究心得，及建立與國際兒童癌症醫學團體之聯繫及醫學研究交流。並成立統計中心，聯合治療方案，從 1988 年至今登錄及追蹤共計一萬餘人。
台灣兒童癌症研究群目前於台灣各大醫療院所（包括：台大、馬偕、台北榮總、林口長庚、三總、北醫、國泰、和信、萬芳、新光、亞東、雙和、台大新竹分院、馬偕新竹分院、台中榮總、中國、中山、彰基、沙鹿童綜合、台大雲林分院、嘉基、嘉義長庚、成大、高醫、高雄長庚、高雄榮總、義大、花蓮慈濟），有兒童血液腫瘤專科顧問醫師及各科合作顧問醫師近百名，每年定期召開會議報告治療成果與分享經驗。
為能服務全台各醫院兒癌家庭，除台北辦公室外，也於2017年成立台中辦公室，2018年成立高雄辦公室，增聘2位專任社工員，擴大在地病童關懷服務及活動辦理，進行個案的深入服務。
目前本會工作內容是多方面的，包括：
1. 建立癌症兒童之有關資料以了解兒童癌症之發生率，分佈地區以及醫療照護上之需求。
2. 提供醫療費用及抗癌藥物之補助，以減輕癌症兒童家庭之經濟負擔。
3. 提供持續性之照護，使得癌症兒童在醫院及家庭均能得到適當之照護。
4. 舉辦親子座談會、親子戶外活動、才藝發表會、作文繪畫比賽等。以促進癌症兒童之父母親之間，與醫護人員之間之溝通，介紹癌症治療新知，解答父母照護上之疑難。
5. 定期出版季刊會訊，提供新知並徵信。
6. 出版各種教育性質之刊物。
7. 訓練護理人員以提高護理人員照護癌症兒童之能力。
8. 建立完善的醫療網，使得癌症兒童在不同的治療中心能得到相同的醫療照護。
9. 提供研究以了解並確保兒童得到適當的照護。
10. 籌募基金，本會基金籌募完全依賴社會人士之贊助以協助癌症兒童。
兒童的成長只有一次，期許讓罹癌的孩子在辛苦漫長的治療過程中，有更多專業人員的介入，讓醫院及治療不再是恐怖與創傷，而且癌童家庭能得到適當照護，提升全台兒癌福祉，並能夠加深地區連結，促進在地化服務。
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